航空
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1932年，在東海縣建設楊圩機場。次年，歐亞航空公司南京至北平沿海航線經停海州站。1959年，建設新海連機場，1961年試航後未正式通航[11]。
1955年，南京軍區空軍開始建設連雲港白塔埠機場。1985年，機場開通民航班機，今連雲港白塔埠機場位於東海縣白塔埠鎮西部，距市區29公里，距東海縣城12公里。與香港、北京、上海、廣州、成都、深圳、廈門、天津、瀋陽、西安、海口、哈爾濱、江蘇徐州、浙江舟山等15座城市有直達航班（截至2015年2月）。
2021年12月2日，新機場連雲港花果山機場正式啟用，同時連雲港白塔埠機場同步關閉客運服務。
海運
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以連雲主港區為中心，北側贛榆、前三島港區及南側徐圩、灌河亦投入建設。目前擁有包括貨櫃、散貨、客滾、件雜貨等在內的各類碼頭泊位35個，其中萬噸級以上泊位30個；與160多個國家和地區之港口建有通航關係，辟有至歐洲、美洲、中東、東北亞、東南亞等貨櫃和貨運班輪航線40多條，並開通了至南朝鮮仁川、平澤兩條大型客箱班輪航線。
鐵路
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連雲港站
連雲港是中國大陸重要鐵路幹線之一隴海鐵路鐵路之東端起點，亦是新亞歐大陸橋之東方橋頭堡：東起連雲港港，向西沿隴海鐵路、蘭新鐵路，至新疆霍爾果斯口岸出境，經中亞腹地，至歐州荷蘭鹿特丹港。目前已開通固定車次的跨境貨櫃班列，形成國際海陸聯運體系。
作為規劃的沿海鐵路之組成部分，青鹽鐵路經過連雲港境內，連接青島和鹽城。連淮揚鎮鐵路的連雲港-淮安段已通車。
正在建設中有速度350km/h的徐連客運專線，並規劃有連臨鐵路、寧連鐵路等多條鐵路。連雲港市郊鐵路（連雲港-連雲段）計劃於2019年12月開通。[12]
公路
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中國國家高速公路網的三條主幹線： 瀋海高速（汾灌高速公路、連鹽高速公路）、 長深高速（連臨高速公路、寧連高速公路）和 連霍高速（連徐高速公路）在連雲港市境內交匯成網，並與江蘇高速公路 連雲港北疏港高速、 連雲港東疏港高速組成覆蓋全市域的高速公路網。
國道幹線公路網中，連雲港至天水的 310國道、連雲港至菏澤的 327國道和煙臺至上海的 204國道在連雲港交匯。 233國道過境。
省道幹線公路主要有：東海山左口至淮陰的 236省道、贛榆黑林至灌雲楊集的 242省道、連雲港至徐州的 323省道、灌雲燕尾港至睢寧的 324省道。另有一條縱貫蘇北海岸灘涂地區的臨海高等級公路正在建設中。
因歷史形成的連雲港市市區獨特的一市雙城格局，新海城區與東部城區（連雲區）之間由新港城大道（即曾經的新[新浦]墟[墟溝]公路）連接，另有一條規劃為城市中軸線的花果山大道與新港城大道於猴嘴相交。
城市交通
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連雲港快速公交B1線使用的海格客車
連雲港快速公交（BRT）
主條目：連雲港公交線路列表和連雲港快速公交
連雲港城區較為分散，東部城區距新海城區約20公里。連接東西部城區的公交線路主要有：101、102、103、105、106。 2012年底開通的快速公交BRT已經逐步取代了原有的10X公交車。一號線由快速公交主線B1、環線H1和H2及配套支線（B11、B12、B13、B15）組成。整個系統長136.9公里，其中，主線為 34公里，環線為18公里，配套支線為84.9公里，它貫通了連雲港城區的東西南北，並將之貫穿起來，連成一體，稱之為「一主兩環四支」的快速公交系統。連雲港快速公交一號線從開建到通車僅用八個月的時間，是目前江蘇省建設周期最短的一條快速公交線，也是繼常州、鹽城之後的江蘇省第三條真正意義的快速公交線。目前BRT二號線也已經完成道路和站台等以及附屬設施的建設，即將開通。
連雲港市計程車有桑塔納、桑塔納志俊、紅旗和捷達等。2009年的計程車運價為5元起步（含2公里），超出2公里後為1.6元/公里。2012年3月開始加收每次1元燃油附加費。